Keadaannya yang lumpuh itu tidak mengahalang beliau untuk meneruskan kecemerlangannya di dalam bidang pelajaran dan juga aktiviti ? aktiviti islam. Pada tahun 1964 beliau telah melanjutkan pelajaran di Universiti Ain Shams di Kaherah. Pengajiannya di universiti tersebut walaubagaimanapun tidak sampai ke hujungnya apabila beliau telah dipenjarakan selama sebulan oleh pihak berkuasa Mesir kerana penglibatannya dengan pertubuhan Ikhwan Muslimin pada tahun 1966. Lebih dahsyat lagi beliau telah dihantar pulang ke Gaza oleh pihak berkuasa Mesir tanpa sempat menamatkan pengajiannya. Ujian yang getir ini tidak sedikit pun membunuh semangatnya untuk terus bergerak aktif dalam pertubuhan tersebut untuk memperjuangkan islam dan dakwah islamiyyah.

Kepulangannya ke Gaza telah menyaksikan bagaimana beliau bergerak aktif memperjuangkan islam sebagai guru bahasa Arab dan juga khatib di mesjid Gaza. Dalam tempoh yang singkat sahaja beliau telah menjadi terkenal di kalangan penduduk Gaza dengan khutbah ? khutbahnya terutamanya selepas pendudukan rejim Zionis ke atas Gaza pada tahun 1967.

Selain daripada dua tugas utama tersebut, Semenanjung Gaza juga telah menyaksikan jasa Ahmad Yassin sebagai pekerja kebajikan dan juga pendakwah yang gigih mendidik anak ? anak remaja dan para pemuda dengan didikan islam. Hasil dari usaha tersebut sekitar tahun 1969 dan 1970 pertubuhan Ikhwan Muslimin telah berkembang hebat di kawasan Gaza. Hasilnya pada tahun 1973 dengan bantuan anggota pertubuhan tersebut, Syeikh Ahmad Yassin telah berjaya menubuhkan sebuah pertubuhan kebajikan yang menjaga kebajikan pelarian ? pelarian Palestin yang diberikan nama ?Mujamma al-Islam?.

Usahanya tidak terhenti setakat itu sahaja. Memandangkan keadaan di Palestin lebih memaksa umat islam di sana untuk berjihad, beliau dan beberapa anggota Ikhwan Muslimin yang lain telah menubuhkan sebuah gerakan jihad yang dinamakan sebagai ?al-Mujahidun al-Filastiniyun? pada tahun 1982 sebagai kesinambungan perjuangan ?Kataib Syuyukh? yang mengambil wasilah jihad sebagai landasan perjuangan mereka. Bagi Ahmad Yassin kelumpuhan dirinya tidak mengahalang dirinya dari usaha mendidik dan membina generasi mujahidin Palestin untuk berhadapan dengan penjajah Zionis yang telah menjajah bumi mereka dan juga Masjid al-Aqsa.

Pada tahun 1983, ketika beliau menjawat jawatan sebagai pengarah Pusat Islam di Gaza, beliau telah ditangkap dan dipenjarakan oleh pihak rejim Zionis diatas tuduhan memilki senjata api dan cuba untuk menggugat kerajaan Zionis Israel. Dia telah dijatuhkan hukuman penjara selama 13 tahun melalui mahkamah tentera Israel, namun pada tahun 1985 hasil dari proses pertukaran tawanan di antara pihak PLO dengan rejim Zionis, beliau telah dibebaskan setelah menjalani hukuman penjara selama 11 bulan.

Melihatkan kepada kondisi Negara ? Negara Arab yang tidak lagi berminat untuk memerdekan bumi Palestin dan Masjid al-Aqsa, begitu juga dengan gerakan PLO yang semakin bersikap lunak terhadap rejim Zionis, Yassin dan juga rakan ? rakannya di dalam pertubuhan Ikhwan Muslimin telah menubuhkan gerakan pembebasan islam yang dikenali sebagai HAMAS pada tahun 1987. HAMAS telah memulakan corak baru penentangan cara baru, iaitu dengan mengadakan demonstrasi jalanan dan pertempuran secara bersemuka dengan pihak tentera Zionis. Kebanyakan ahli pergerakan ini dihasilkan dari masjid ? masjid dari kalangan orang ? orang muda yang dikenali dengan nama ?Atfal Hijarah? (Kanak ? kanak Batu) kerana menggunakan batu untuk berhadapan dengan tentera Zionis. Penentangan yang mempunyai impak yang besar terhadap rejim Zionis ini dikenali sebagai ?Intifadah?. Kesan dari ?Intifadah? ini amat hebat, pihak tentera Zionis terpaksa mengambil tindakan ? tindakan drastik sebagai tindak balas terhadap kemaraan gerakan HAMAS.

Sebagai natijahnya, pada bulan Ogos 1988 pihak tentera Zionis telah merobohkan rumahnya dan membuangnya ke sempadan Lebanon. Tidak cukup sekadar itu sahaja, pada 18/5/1989 beliau bersama ratusan anggota pergerakan HAMAS yang lain telah dipenajarakan kerana kejayaan operasi ? operasi yang telah dilancarkan oleh gerakan tersebut dalam usaha membunuh tentera ? tentera dan komando ? komando Israel. Sekali lagi mahkamah tentera Israel pada 16 / 10 / 1991 telah menjatuhkan hukuman 15 tahun penjara ke atas Syeikh Ahmad Yassin di atas sembilan pertuduhan yang disabitkan ke atasnya, termasuk tuduhan membunuh, menculik dan juga menyerang tentera ? tentera Zionis.

Kesan dari penahanan tersebut beliau telah mengalami lumpuh seluruh tubuh kecuali kepalanya sahaja. Beliau juga mengalami kehilangan penglihatan mata kanannya dan juga kekaburan penglihatan pada mata kirinya selain daripada masaalah pendengaran akibat tekanan dan deraan yang dikenakan ke atasnya. Sepanjang tempoh itu juga beliau dihidapi jangkitan pada paru ? parunya dan juga hidapan pada abdomennya. Keadaan kesihatannya yang semakin parah itu telah memaksa pihak penjara terpaksa membawanya berulang ? alik ke hospital untuk mendapatkan rawatan..

Pada 13/12/1992 kumpulan komando HAMAS yang dikenali sebagai Kataib al-Qassam telah berjaya menculik seorang tentera Zionis dan menawarkan pertukaran tawanan dengan pihak rejim. Mereka menawarkan pertukaran di antara tentera tersebut dengan pembebasan Syeikh Ahmad Yassin dan beberapa tawanan HAMAS lain yang sakit dan yang telah berumur. Pihak rejim Zionis walaubagaimanapun menolak permintaan tersebut malah cuba menyerbu masuk ke rumah di mana tenteranya ditawan dengan harapan untuk membebaskannya. Percubaan mereka gagal, tentera Zionis yang ditawan itu mati dibunuh berserta dua tentera Zionis yang lain dan juga tiga pejuang Palestin telah mati syahid di tempat kejadian. Kejadian tersebut berlaku di Bir Nabala berdekatan dengan kota Baitul Maqdis.

Pada 1/10/1997, hasil dari perundingan pertukaran tawanan di antara kerajaan Jordan dengan rejim Zionis Syeikh Ahmad Yassin telah berjaya dibebaskan. Kerajaan Jordan yang telah berjaya memberkas dua orang anggota perisikan rejim Zionis ketika mereka gagal dalam percubaan untuk membunuh ketua biro politik HAMAS, Khaled Mishaal di Amman, Jordan. Demi untuk mendapatkan kembali dua perisik tersebut, pihak rejim Zionis telah bersetuju dengan tawaran yang diberikan oleh mendiang raja Jordan, Raja Hussin yang meminta Syeikh Ahmad Yassin dibebaskan.

Sejurus pembebasannya Syeikh Ahmad Yassin kembali memainkan peranannya sebagai pemimpin agama bagi gerakan HAMAS yang semakin mendapat tempat di hati rakyat Palestin dan juga semakin digeruni oleh rejim Zionis. September 2000 telah menyaksikan tercetusnya Intifadah kali kedua selepas perdana menteri rejim Zionis, Ariel Sharon telah mencemarkan Masjid al-Aqsa bersama 200 tenteranya. Sekali lagi Syeikh Ahmad Yassin telah berjaya membangkitkan rakyat PAlestin untuk bangun berjuang menentang kegilaan rejim Zionis. Impaknya amat besar kepada rejim Zionis. Kerugian harta dan nyawa yang dialaminya adalah yang paling teruk dalam 50 tahun penubuhan Negara haram Israel. Penentangan berlaku tiap ? tiap hari tanpa menunjukkan rasa menyerah kalah. Hasilnya pelabagi usaha dilakukan oleh pihak rejim demi mengekang kemaraan rakyat Palestin. Antaranya menyerang Bandar ? Bandar, membunuh orang ? orang awam, membina tembok pemisah, membunuh pejuang ? pejuang Palestin dan pemimpin ? pemimpin mereka.

Hasil dari kegilaan tersebut, beberapa pemimpin pejuang Palestin telah berjaya menemui syahid dibunuh oleh rejim Zionis dengan menggunakan jet ? jet pejuang, helikopter dan juga kereta ? kereta kebal mereka. Antaranya Salah Shahadah, Ismail Abu Shanab dan lain ? lain lagi. Syeikh Ahmad Yassin juga tidkak terlepas dari usaha jahat tersebut, seperti yang berlaku pada 6 / 9 / 2003 bilaman sebuah helikopter Apache milih tentera Zionis telah membedil dan merobohkan rumah Ahmad Yassin, mujurlah beliau selamat dan hanya mengalami kecederaan ringan di tangan kanannya. Begitu juga apa yang dialami oleh Abdul Aziz Rantisi, orang nombor dua HAMAS yang telah dibedil keretanya ketika beliau di dalam perjalanan.

Namun, pada subuh 22 / 3 / 2004, mereka sekali lagi menyerang Syeikh Ahmad Yassin ketika beliau dalam perjalanan pulang dari mesjid setelah selesai solat subuh secara berjemaah. Tiga buah roket telah dilancarkan ke atas Syeikh yang lumpuh itu telah berjaya mengorbankan diri Ahmad Yassin dan empat yang lain termasuk anaknya.

"